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日本位于亚洲大陆东侧，南北有3000米之长，是一个呈弧状的岛国。日本的东部和西南部临太平洋，与俄罗斯的西伯利亚之间相隔的是鄂霍次克海（オホーツク海），与中国之间相隔的是东海（東中国海），而与韩国之间相隔的是日本海。日本东西横跨约32经度，即东经123度至154度，南北26纬度，北纬20度至46度。其中首都东京位于东经140度，北纬36度。

日本的四个极点分别是，

东极点：东京都的南鸟岛 （南鳥島　みなみとりしま）

南极点：东京都的冲之鸟岛　（沖ノ鳥島　　おきのとりしま）

西极点：冲绳县的与那国岛　（与那国島　　よなぐにじま）

北极点：北方领土的择捉岛　（択捉島　　　えとろふとう）

日本的主要领国有中国、俄罗斯、韩国，还有隔海相望的菲律宾。从日本的九州长崎以我国的上海有大约640海里，而从日本的西南诸岛的南端到台湾只有60海里。.

日本位于亚欧大陆东端，是一个四面临海的岛国，自东北向西南呈弧状延伸。东部和南部为一望无际的太平洋，西临日本海、东海，北接鄂霍次克海，隔海分别和朝鲜、中国、俄罗斯、菲律宾等国相望。根据1998年的较新测量，包括北方四岛（择捉岛、国后岛、色丹岛、齿舞群岛）在内，日本国土总面积377880平方公里，约相当于俄罗斯的1／45，中国和美国的1／25。 日本的国土由北海道、本州、九州、四国4个大岛和6848个小岛组成，东西宽300公里，南北长3500公里。 日本的国土习惯上自北向南分为北海道、东北、关东、中部、近畿、中国、四国、九州等8个地区，不是行政上的划分。领海面积310000平方公里。与俄罗斯存在“北方四岛”（俄方名为“南千岛群岛”）领土争端，与韩国存在竹岛（韩方名为“独岛”）领土争端。日本境内多山，山地成脊状分布于日本的中央，将日本的国土分割为太平洋一侧和日本海一侧,山地和丘陵占总面积的71％。 日本位于太平洋火山地震带上，火山活动频繁，给当地人们的生活带来了很大麻烦。全国有160多座火山，其中50多座是活火山，为世界上有名的地震区。富士山是全国的较高峰，海拔3776米。在火山分布地区，景色优美，温泉资源丰富，成为著名的观光疗养地。日本的河流大多发源于中部山地，向东西两侧流入太平洋和日本海。由于日本东西狭窄，加之山势陡峭，河流多短而急促。在梅雨和台风季节，水量增大，容易形成洪水。为此，日本修筑了大量的堤防和水库，用于防洪。河水广泛用于生活用水、农业和工业用水、水力发电。 日本的平原主要分布在河流的下游近海一带，多为冲积平原，规模较小，较大的平原有关东平原、石狩平原、越后平原、浓尾平原、十胜平原等。
较大的湖泊是琵琶湖，面积672.8平方公里。日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国，因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁，港口稀少，东部太平洋一侧多入海口，形成许多天然良港。
  在东部太平洋一侧自南向北均被日本暖流（黑潮）环绕、东北部形成千岛寒流（亲潮），西部日本海一侧是对马暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交汇处，鱼类资源丰富，成为天然渔场。 由于地处海洋的包围之中，属温带海洋性季风气候，终年温和湿润，冬无严寒，夏无酷暑。夏秋两季多台风，6月份多梅雨。1月平均气温北部－6℃，南部16℃；7月北部17℃，南部28℃。年降水量700—3500毫米，较高达4000毫米以上。近年,导致海水升温的厄尔尼诺现象也对日本产生影响，主要是梅雨持续时间延长，容易形成冷夏和暖冬。从板块构造学说的观点，日本位于亚欧板块和太平洋板块的消亡边界，为西太平洋岛弧-海岸山脉-海沟组合的一部分。全国68%的地域是山地。日本较高的山是著名的富士山，海拔3,776米。由于平原较少，日本很多山上都种植农作物，较大的平原为关东平原。日本位于环太平洋火山地震带，全球有十分之一的火山位在日本，在全国都时常会发生火山活动。严重的地震则每一个世纪都会发生几次；近年发生的阪神大地震、新潟县中越地震都是芮氏地震规模6级以上的强震，受到世界各国关注。日本的温泉很多，并且已经发展成为旅游景点。

  由于日本的岛屿呈北东向延伸得很长，南北跨越纬度约20度，因此有许多种气候类型。气候类型大部分是温带季风气候，南部的九州岛、四国、琉球群岛（归属存在争议）有副热带季风气候。北部的岛屿夏天温暖，冬天则十分漫长、寒冷，还时常有大量降雪。而中西部地区则冬天比较干燥，很少下雪，夏天潮湿。
  日本是岛国，又深受黑潮影响，海洋性气候显着。