1998年国务院机构改革，在国务院经济体制改革办公室成立大会上朱镕基总理指出“要充实、加强体改研究会”；1999年中国经济体制改革研究会进行了人事、财务等管理体制上的改革，成为独立的法人机构，在全国各省市政府和研究机构拥有众多团体会员和个人理事。2003年以后中国经济体制改革研究会的主管单位为国家发展和改革委员会。

    中国经济体制改革研究会坚持面向经济体制改革实践、为经济体制改革服务，坚持解放思想、实事求是、理论与实践相结合的原则，贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针，力倡尊重实践、大胆探索、勇于创新的精神，为推进改革事业积极举办多种形式的调查、研讨、交流活动。

    中国经济体制改革研究会内部机构有：办公室、调研部、外联部、公共政策研究部、公众意见调查部以及培训中心。中国经济改革研究基金会作为中国经济体制改革研究会发起设立的独立机构，日常管理与运作与研究会互相配合。此外，中国经济体制改革研究会管理的独立机构还有中国经济体制改革杂志社、改革传播影视中心等。